生命科學

阻止珊瑚滅絕─解析珊瑚共生藻基因體

阻止珊瑚滅絕─解析珊瑚共生藻基因體
國立臺灣大學生命科學系助教范姜文榮

編譯來源:《Draft Assembly of the Symbiodinium minutum Nuclear Genome》

p10

隨著地球的溫暖化、海水酸化等因素,使珊瑚礁面臨危機,已有研究報告指出地球三分之一的珊瑚礁已漸漸消失,許多國家的政府單位全力進行防止地球暖化與珊瑚礁保護的工作。(圖片來源:維基百科)

日本沖繩科學技術研究所、日本國立遺傳學研究所、日本國立生物資訊學研究所及東京大學醫學基因科學系等研究團隊,首次成功解析出與珊瑚共生的蟲黃藻1基因體,該研究團隊先前已於2011年率先成功解析珊瑚基因體,因此獲得宿主─珊瑚與共生者─蟲黃藻兩者的基因體資訊。透過基因體的遺傳資訊,將對進一步解析珊瑚與蟲黃藻間的共生關係有重要的幫助。

珊瑚礁與熱帶雨林並列為生物多樣性最豐富的地區,另因與漁業及觀光有關聯,使珊瑚礁也成為經濟上非常重要的場所。但是隨著地球的溫暖化、海水酸化等因素,使珊瑚礁面臨危機,已有研究報告指出全部地球的1/3珊瑚礁已漸漸消失,許多國家的政府單位全力進行防止地球暖化與珊瑚礁保護的工作。

為了保護珊瑚礁,有必要理解製造珊瑚礁的主角─珊瑚的生物特性,造礁珊瑚雖與水母、海葵等同樣是刺絲胞動物,但是造礁珊瑚具備其他刺絲胞動物少有的2個重要特徵:其一是造礁珊瑚與屬於渦鞭毛藻的蟲黃藻維持細胞內共生關係,因此可自蟲黃藻獲取營養物質而存活。另一特徵是具有利用二氧化碳製造碳酸鈣骨骼、形成珊瑚礁的能力。造礁珊瑚與蟲黃藻之間具有絕對的共生關係,如果發生蟲黃藻離開珊瑚或在珊瑚內死亡的情況,就會造成珊瑚白化現象,狀況嚴重時會影響珊瑚生存甚至死亡,因此有必要理解下列問題:珊瑚與蟲黃藻是如何維持其共生關係?為何海水溫上升等刺激會造成共生關係的崩解?

蜜蜂為什麼跳舞?

蜜蜂為什麼跳舞?
國立臺灣大學生命科學所周愛鵑

編譯來源:東京大學2013年8月22日發表《Discovery of novel honeybee brain neurons active during foraging flight》

p3

採完花蜜的蜜蜂回到蜂窩後,不僅跳舞來傳達蜜源的方向距離,這種舞蹈甚至還因蜜蜂品系而有些微差距,就像是人類的方言一樣。小小蜜蜂卻可表現出如此複雜驚人的動物行為,這背後的原理相當令人著迷。(圖片來源:flickr用戶 ingridtaylar)

歐洲蜜蜂的工蜂在採集花蜜過後飛回巢裡,會利用跳舞的方式向伙伴表示食物所在的方向和距離,這種特別的行為被稱為「舞蹈通信」(dance communication) 。明確定義出與舞蹈通信行為相關的神經細胞各項特徵,像是如何發育,展開分支和基因表現等等,這些研究對於科學家了解此舞蹈行為背後的神經基礎非常重要。

科學家推測出蜜蜂腦中的一對蕈狀結構是負責高級腦功能的區域─這包含了溝通功能,雖然現在對它的研究還很少,不過已經有兩種固有的細胞─大型和小型肯揚細胞─在蕈狀結構的蕈蓋裡被發現。

東京大學大學院理學系研究科的金子九美博士和久保健雄教授,在近期研究成果中發表一個新的基因 「mKast」,為好發於中型肯揚細胞的休止子相關蛋白,依此基因鑑定出一種新型肯揚細胞。新的肯揚細胞坐落於大型和小型肯揚細胞區域之間,又表現特定的「mKast」基因,所以研究者將它命名為「中型肯揚細胞」。除此之外,研究者也發現小型和中型肯揚細胞在進行採集行為的工蜂腦中也相當活躍,因此被認為與採集行為相關。

細胞成分自我更新

細胞成分自我更新
國立臺灣大學生命科學系助教范姜文榮

編譯來源:《Basal autophagy is required for the efficient catabolism of sialyl oligosaccharidesjbc》

p1

過去的研究已知真核生物的細胞質中,存在著不與蛋白質或脂質等物質結合的游離狀態醣鏈。醣鏈與蛋白質等有機分子結合,可產生特定的機能以維持生物體內重要的生理機能。(圖片來源:LANDESBIOSCIENCE)

人類細胞內或細胞間物質由蛋白質、脂肪、醣類、核酸等有機分子所組成,這些分子並非一直都能保持新鮮,幾乎都是大約2個月就更新替換。

細胞構造內的蛋白質等有機分子,經過一定時間後,舊的分子漸漸地被分解置換成新的分子,細胞分解自身成份的過程稱為「自噬作用1」。為了分解細胞內不要的蛋白質或脂質、以及已損傷的小型胞器等,細胞具有「自噬」的構造,此為自酵母菌至人類之真核生物都具備的構造。「自噬」構造的功能為防止細胞內異常蛋白質的堆積、以及在蛋白質合成過多時、或因環境變化成為飢餓狀態下,進行蛋白質的再利用。「自噬」構造另與排除侵入細胞內的病原菌有關,也與癌症或神經性病變的病癥高度相關,具有廣泛的機能。

自噬作用通常發生於細胞飢餓狀態下,但是正常狀態下也可能會發生自噬作用,此時稱做基礎自噬作用2。目前認為基礎自噬作用對維持細胞內蛋白質的品質具有重要性。細胞自噬的路徑如下,首先將細胞質內欲被分解的有機分子以隔離膜包圍,形成自噬胞3的構造;接著自噬胞與擔任分解有機分子的溶小體4融合,形成自噬溶酶體5,最後,有機分子在自噬溶酶體內被分解或代謝。

共生細菌會保護宿主?

共生細菌會保護宿主?
國立臺灣大學生命科學系助教范姜文榮

編譯來源:日本豐橋技術科學大學2013年7月9日發表《世界初、昆虫と融合した「用心棒バクテリア」を発見— キジラミ細胞内でしか生きられない共生細菌が、毒を合成して宿主を防衛 —》

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共生在生物進化中扮演重要的角色。(圖片來源:flickr用戶rakfb)

聽到「共生」這個名詞,一般人可能會聯想到高人氣的小丑魚與海葵間的互利共生關係,海葵具有毒性的刺絲胞可以保護小丑魚來躲避天敵,而小丑魚則提供食物的碎屑給海葵進食。另外,也許有些人知道我們的細胞內,具有進行有氧呼吸所需的粒線體,科學家認為粒線體原本是與細菌相似的原核生物,在不知原因下進入真核細胞後,粒線體負責提供能量給細胞,而細胞提供粒線體所需的蛋白質及脂肪等。以上這些現象顯示共生在生物進化中扮演重要的角色。

由日本豐橋技術科技大學為主,並與理化學研究所、東京大學、瑞士與德國的大學等所組成的研究團隊,合作解析出生存於柑橘類的重要害蟲─柑桔木蝨1內兩種共生細菌:韌皮部桿菌2與韌皮部桿菌新種3全部基因排列,並同時進行分子生物學、生化學、及藥理學的研究,結果發現前者是供應宿主必須胺基酸的營養共生體,後者則是會合成細胞毒素來保護宿主抵抗天敵的保衛共同體。先前所發現的共生細菌當中,從未具有防衛機能,這是首次發現生存細胞內的共生細菌,會合成毒性物質以保護宿主。

緊密連接(Tight junction) 下

緊密連接(Tight junction) 下
臺中市雙十國中自然領域王淑卿教師

請參考:緊密連接(Tight junction)  中

緊密連接屬於封閉不通透的連接,長度約 50~400nm,普遍存在於脊椎動物體內的各種上皮組織(epithelium)。上皮組織可分為三類:

  1. 膜性上皮(membranous epithelium):由細胞緊密排列成薄膜狀,覆蓋於身體外表面、體腔內表面或管道內表面,分布最廣,即一般泛稱的上皮組織。
  2. 腺狀上皮(glandular epithelium):構成腺體的分泌部-腺泡(acinus)和它們的導管,以腺狀上皮為主要成分構成器官腺體,如內分泌腺或外分泌腺。但是內分泌腺的胸腺卻有特殊的結締組織-上皮網狀細胞(epithelial reticular cell),和膜性上皮組織一樣具有緊密連接,使細胞緊密接連,並有基底膜隔開結締組織,作為屏障。
  3. 感覺上皮(sensory epithelium)又稱神經上皮(neuro-epithelium):分布於五官,是具有特殊感覺功能的特化性上皮,感覺上皮的游離端常有纖毛分布,另一端則連接感覺神經纖維。

緊密連接(Tight junction) 中

緊密連接(Tight junction) 中
臺中市雙十國中自然領域王淑卿教師

請參考:緊密連接(Tight junction)  上

緊密連接(tight junction;zonula occludens)是兩個細胞的細胞膜連結共同構成一個緊密相連的區域,幾乎連液體都無法穿透的屏障。

緊密連接的結構是由奈米尺度的跨膜蛋白(transmembrane protein)顆粒不斷重複排列形成索鏈狀分支網絡,嵌入兩個相鄰細胞膜中(圖二),每條鏈又皆可獨立作用。隨著鏈數增加可增強阻止通透性的連接,每一條鏈可直接與胞外結構彼此相連,細胞膜兩側不同的外圍膜蛋白(peripheral membrane protein)可固定每一條鏈與細胞內的肌動蛋白(actin)和細胞骨架(cytoskeleton)作連接。於是藉由緊密連接形成連續纖維狀,仿彿焊接般將相鄰細胞的細胞骨架緊密的連接一起,並封閉相鄰細胞間的空隙。

緊密連接(Tight junction) 上

緊密連接(Tight junction) 上
臺中市雙十國中自然領域王淑卿教師

生物體由細胞構成,多細胞生物的同類細胞和其細胞間質構成組織。細胞與細胞之間靠細胞膜彼此聯繫協調,形成密切相關的組織,這種聯繫協調方式稱為細胞連接(cell junction)。

細胞連接包含細胞表面的特化構造或區域,兩個細胞透過這種結構連接起來。細胞的特化區域包括胞質溶膠蛋白(cytosolic protein)、細胞骨架蛋白(cytoskeletal protein)、細胞外基質蛋白(extracellular matrix protein)、跨膜蛋白(transmembrane protein)等。就功能而言,細胞連接將同類細胞連接成組織,並由相鄰組織間的細胞保持其穩定性和完整性,或達成細胞間訊息傳遞的作用。

單株抗體—HAT培養基(HAT medium)

單株抗體—HAT培養基(HAT medium)
國立臺灣大學醫學系林祐民、臺北市立建國高中劉翠華教師

關於單株抗體(monoclonal antibody)的背景與原理請參閱國科會高瞻計畫自然科學教學資源平台—單株抗體(上)單株抗體(下),本篇著重於介紹在單株抗體的細胞融合實驗中常被使用的 HAT 培養基(HAT medium)。

細胞融合是單株抗體製作過程中的一項重要技術,將 B 細胞與骨髓瘤細胞(myeloma cell)融合,融合後產生的細胞稱為融合瘤(hybridoma),融合瘤同時具有 B 細胞分泌抗體,以及癌細胞不斷分裂而不受分裂次數限制的特性。HAT 培養基即是用以培養及篩選融合瘤細胞的培養基。

劍橋參考序列 (CRS)

劍橋參考序列 (Cambridge Reference Sequence,CRS)
國立臺灣大學醫學系呂明軒、臺北市立建國高中劉翠華教師

劍橋參考序列 (Cambridge Reference Sequence,CRS)是最廣為採用的人類粒線體 DNA 序列參考標準。

英國劍橋大學桑格博士 (Dr. Fred Sanger)是生物大分子研究領域的巨擘,發明了蛋白質與核酸的定序方法,於 1958 與 1980 年兩度獲得諾貝爾化學獎的殊榮。桑格博士的團隊於 1981 年首次發表人類粒線體 DNA (mt DNA) 全長約 $$16569$$ 個鹼基對,此序列稱為劍橋參考序列。

迷走神經反射(Baroreceptor reflex)

迷走神經反射(Baroreceptor reflex)
國立臺灣師範大學生命科學系碩士生楊可欣

當一個人從平躺的姿勢改為站立的姿勢時,血壓會下降。此下降的血壓可透過迷走神經反射的傳導,經由感壓反射(baroreflex)補償回來。感壓接受器引起的感覺訊號可抑制副交感神經活性,並促進交感神經活性,使得心跳速率增加和血管收縮,幫助維持站立時的適當血壓。

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